En 1936, al comenzar la Guerra Civil Española, el alzamiento militar fue sofocado en Málaga por la intervención de las milicias obreras, principalmente anarquistas. Sin embargo, tras los primeros movimientos militares, la provincia quedó prácticamente aislada del resto de la zona republicana al estar conectada tan solo por la carretera de Almería. Por ésto, durante los primeros meses de la guerra Málaga actuó en muchas ocasiones al margen del gobierno republicano. En febrero de 1937 las tropas franquistas, compuestas en gran parte por italianos, lanzaron una ofensiva contra la ciudad que fue ocupada el día 7 de febrero.
La caída de Málaga provocó un gran éxodo de civiles y militares por la carretera de Almería bajo el constante bombardeo aéreo y marítimo, lo que provocó centenares de muertos. Éste episodio es conocido como el Crimen de la carretera Málaga-Almería. En Málaga la represión de la dictadura militar franquista fue una de las más duras de la guerra, se calculan unos 20.000 fusilados, enterrados en fosas comunes como las del cementerio de San Rafael, de los que ya se ha obtenido el nombre de 4.100.
Durante el franquismo, la ciudad vivió una expansión por el turismo extranjero hacia la Costa del Sol haciendo un boom en la economía de la ciudad en la década de 1960, apoyado por la emigración masiva hacia el norte de España, y los países del norte de Europa.
En 1972 se fundó la Universidad de Málaga, tras la instalación de una facultad de la Universidad de Granada a finales de los años 60, pues era la única ciudad europea de más de 300.000 habitantes que no poseía una universidad propia.