En 1585, Felipe II ordena un nuevo estudio del Puerto, construyéndose un nuevo dique en 1588, en la zona de levante, junto a La Coracha. En los dos siglos siguientes el Puerto se fue prolongando tanto a poniente como a levante. El edificio de la Aduana comenzó a construirse en 1791, y las obras no concluyeron hasta 1842.

La Batalla de Málaga, 1704
En el siglo XVII, el vino y las pasas eran los productos que ocupaban la preeminencia de las exportaciones malagueñas y, por tanto, constituían la principal fuente de ingresos. En el ramo textil destacaba la seda, muy ligada a los moriscos. Socialmente el estamento aristocrático se vio incrementado por los procesos de "refeudalización" producido por la venta de señoríos, a la vez que acaparaba los altos cargos con la implantación de la nobleza. El municipio, que era una pieza básica de gobierno de los Austrias, sufrió las consecuencias de la corrupción general de la época por la venta de cargos y, además, por su sometimiento a las oligarquías ciudadanas, usurpadoras del poder político local.
Con la llegada del siglo XVIII la ciudad empieza a recuperarse y esto se nota en una nueva ampliación del puerto y en la reanudación de las obras de la catedral, que estaban paralizadas.
El campesinado y las clases populares formaban la gran mayoría, pero se observaba ya el auge de la burguesía, grupo aún pequeño pero muy activo que va a sentar las bases del gran auge económico del siguiente siglo. Entre las clases marginales destacaba la formación de bolsas de pobreza en los barrios periféricos y la persistencia de la esclavitud.